东京湾岸区连续发生杀人事件，被害者皆为溺死，警方的调查毫无进展。警官吉冈（役所广司饰）在事发现场找到一枚纽扣，回家后却发现自己的外衣正好掉了一粒同样的扣子。其他的蛛丝马迹也表明与自己有关，他开始怀疑自己就是凶手。为此吉冈苦恼万分，而恋人春江（小西真奈美饰）却表现得十分冷淡。重返凶案现场的吉冈，听到了诡异可怕的声音，并见到一名红衣女子（叶月里绪奈饰）。女子告诉吉冈，15年前，她曾为他所爱并被他亲手杀死。　　吉冈独自来到精神医生高木（小田切让饰）那里求助，多年的老同事宫地（伊原刚志饰）也开始怀疑吉冈，他徘徊在友情和职责之间难以做出抉择。吉冈的生活渐被击碎，他打开了连接过去和现在的秘密……

　　行驶于太平洋上的运输船海龙丸遭遇奇怪的环礁，保险公司的草薙直哉（小野寺昭 饰）和海上保安厅的米森良成（伊原剛志 饰）奉命前去调查。他们在环礁上发现了神秘的碑文和饰品，不久，环礁发生剧烈抖动，俄而竟化作一只巨龟，互相飞向空中。另一方面，位于九州的姫神岛屿大陆失去联系。鸟类学家长峰真弓（中山忍 饰）与刑警大迫力（螢雪次朗 饰）前去寻找失踪的平田教授，却在当地遭遇三只以人类为食的巨型怪鸟。在内阁的授意下，自卫队对怪鸟展开围捕，而就在这个恐慌的夜晚，巨龟也出现在陆地上，与怪鸟展开惊天动地的搏杀……　　本片荣获第17届横滨电影节最佳导演、最佳女配角（中山忍）、最佳脚本和最佳技术四项大奖；第19届日本电影学院奖最佳女配角奖；1995年电影旬报十佳影片第6名，也是80年来唯一一部入选旬报十佳的怪兽电影。