本片是《麦兜故事》系列的第三部，由现实和动画两部分故事组成。　　现实部分的故事开始于一次“人质挟持事件”，一群持枪匪徒闯入香港中环的国际金融中心（IFC），劫持了一家广告公司的数十名职员，在和警方对峙的关键时刻，匪徒提出要吃外卖盒饭，警方进一步调查发现此案线索涉及“春田花花幼儿园建校五十周年校庆”，而匪徒在与广告公司职员交谈时，发现某个直发披肩女孩（周笔畅）来自著名而神秘的网站春田花花幼儿园，产生好奇。而穿插在现实部分里的动画故事，春田花花幼儿园的小朋友幻想着自己将来快乐简单的理想职业生活，可是长大的他们（黄秋生、郑中基、梁咏琪等），换取温饱的方式多数变成了目标不分的随大流装傻。

　　相传警方派驻了上千卧底深入黑帮，就等时机成熟把社团一网打尽。此时警方雄图大志，将潜伏已久终于爆发的行动命名为“百年孤寂”。洪兴社树大招风，社团里各个话事人开始草木皆兵。相反洪兴老大淡定自若，他的女人苏菲（秦海璐饰）替他周旋于各帮派期间，力稳局势。　　然而洪兴社团的众人已经按捺不住躁动。人人自危的情势开始：分管不同领域的华超（吴镇宇饰）、黎继祥（曾志伟饰）、钟孝礼（张智霖饰）、游志标（陈小春饰）几人当中，有的已经被警方掌握了犯罪证据，有的正陷入一场恐慌，看不清身边谁人是卧底身份。警方铲除洪兴社团即日可待。

　　黑帮老大“校长”想金盆洗手，却被女友小嫂和手下阿一( 吴庆哲 饰)出卖，并遭到追杀。“校长”将自己瑞士银行的密码告诉了孙女小雨，并给了她两张半截的美钞，声称关键时刻寄出，能得到江湖传奇人物神枪手和智多星的保护。 阿一为了获得“校长”的巨款与境外的老大钟胜一（曾志伟 饰）合作，杀死了“校长”，并四处寻找小雨的下落；警方派出了菜鸟警官王小飞（方力申 饰）保护小雨，小雨也寄出了求救信。于是，智多星（黄秋生 饰）和神枪手（吴镇宇 饰） 重出江湖，他们除了要和阿一斗智斗勇之外，还要时时警惕来自身边的危险……

　　八十年代香港出现雨夜屠夫林过云， 九十年代广州亦出现一个杀人狂魔· 中国公安女刑警倪小丽， 奉命侦查此案· 狂魔手法十分高明， 没留下追寻线索· 倪小丽逐走访香港狱中林过云， 了解狂魔心态与动机· 凭小丽的机智及勇敢， 终发现狂魔下落， 逐身入虎穴。

　　身在澳门的潘义铭 (吴镇宇 饰) 意外收到一份30年未见面的父亲的遗嘱，父亲留给他一笔巨额遗产，要求潘义铭参加葬礼才能继承。他遵守遗嘱回到了出生的中国南方小城。在这里，有他曾经的恋人林悦 (任素汐 饰) 、表面老实巴交的情敌华琪(李康生 饰) 、素未谋面的女儿木子 (乌兰托雅 饰) ，以及一些残留的记忆和错综交织的秘密与阴谋。

　　魔术师罗飞（吴镇宇 饰）常常被童年的阴影困扰，在一次亡命表演中差点丧生，便是因为一时受阴影的影响。父亲罗琛拥有杰出成就，他严格要求儿子希望他也能有同样的成就，罗飞从小叛逆，也常常受到了父亲的体罚，也常被困进衣柜中。　　直至长大了，罗飞的性格中也出现了缺失。　　经过那次失手，女友李晓琼（杨芷菲 饰）把男友带到了郊外修养，她认为男友是过分劳累才会差点导致意外发生的。邻居是一对古怪的夫妻岳锋（张兆辉 饰）与妻子（叶璇 饰），他们举止奇怪，晓琼一直觉得自己居住的地方有种莫名奇怪的感觉，自从她在自家与岳锋家看到类似幽灵的出现后，她便越发觉得生活中的诡异气氛浓厚。　　晓琼好意请人为罗飞的父亲做一个石像，却勾起了罗飞恐怖的童年记忆，罗飞的思潮一发不可收拾……