在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，　　被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中　　和同伴一起也成长了很多。　　因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。　　新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。　　一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。　　另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失　　被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪　　并且死神们驻守的灵屋・瀞灵廷被贼军袭击。　　贼军的真实身份是灭却师始祖・友哈巴赫所率领的“无形帝国”。　　“无形帝国”向死神们宣战。　　5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭　　历经千年之久死神们所背负的因缘。　　那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。　　一切都走向终结。　　黑崎一护，最后的战斗开始了——

　　星历0379年……　　距现在500多年的未来银河系。　　在被称为GTO的严格的银河系政府工作的2位少女。　　开朗、充满活力的阿苏克露和认真的柯・菲优。　　——2人是GTO有特殊能力的秘密政府官员・ES成员的见习生。