1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

　　原为《每朝新闻》社会部精英的田代圭介（谷原章介 饰）曾因一则揭露县警不端行为的报道引火烧身，最终被踢到边缘化的地域情报部。他每日里毫无干劲，敷衍着后辈木崎香织（冈本玲 饰）的各种八卦问询。这一日，田代和木崎被领导命令前往他的老家来实村对当地的萤火虫进行采风。与此同时，东央大学山川教授（渡边宪吉 饰）不久前在当地失踪，从而引起广泛猜测和轰动。此后《周刊每朝》的记者久野（上川隆也 饰）带着田代的旧相识川岛英子（青山伦子 饰）也赶至来实村追查线索。本来无心于此的田代，在采风中不断发现种种诡异之处，而他和木崎、久野、川岛最终不可避免地卷入了神秘的事件之中……　　本片根据松本清张的同名原作改编。

　　江木塔子（松岛菜菜子饰）是一位历次结婚对象皆猝死的高校教师，为了追查真相保险公司调查员英器（竹野内丰饰）因而结识了这个神秘女子，发现她的未婚夫总是在结婚前以她为受益人买下巨额保险，而在结婚前3天解除，之后意外死亡。更发现她十五岁的时候父母在家中自焚，为她取得大量的保险金，让她接受教育活至成年。这个谜一般的女子，让英器陷入了悬疑的剧情及若有似无的恋情中。

　　保奈美（米仓凉子 饰）虽然拥有善良而又美好的心灵，却总是因为其貌不扬的外貌而遭受旁人的欺凌侮辱，就此她慢慢开始接受“这是一个看脸的社会”的现实，拼了命的赚钱存钱，希望能够靠整形来改变命运。终于，保奈美的梦想成为了现实，她远赴国外，接受了全身整形手术。再度回到日本的，将会是一个人人都忍不住侧目的绝世美人，然而这背后她受得苦遭得罪，只有她一人知道。　　改头换面后的保奈美成为了一名模特，过上了她梦寐以求的那种光鲜亮丽的生活，收获了名声财富与权力，更邂逅了爱情。然而，在接收命运的馈赠的同时，保奈美还需要紧紧守住她的秘密。

　　1995年的夏天，高中生博人（石田壹成 饰）正处于精力旺盛的年纪，他和同班好友顺平整天混迹在游戏厅或闹市区，一来二去就认识了一个弱智少年室冈仁（香取慎吾 饰）。在一次街头斗殴中，他们结识了街头混混五郎，优等生神谷勤。五名少年性格迥异，家庭环境、人生目标也各不相同，唯一的共同点就是均为热血方刚的未成年，他们因为经历了种种而走到了一起，共同面对成长的苦与乐。　　博人出身优渥家庭，父亲严厉，哥哥优秀，他就越发显得不成才。在一场演唱会上，博人遇到了美丽的女大学生萌香（樱井幸子 饰），并对她一见钟情，不久却得知她是自己哥哥的女朋友。然而博人不想就此放手……

　　哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。

　　长谷川桃子（北川景子饰）原本是婚礼公司的策划人，一次工作失误她被贬谪到支社葬仪社的特别清理科。不明所以的桃子接手第一项任务后才发现要她做的竟是清理银行劫匪被击毙的现场及劫匪的尸体，更难以置信的是，面前躺着的竟是高中时对她谆谆教导的班主任。　　悲痛的桃子在抚摸老师遗物的时候突然晕了过去，醒来时却发现自己回到了昨天，电话那头友人大河内日奈（浅見れいな饰）开着前一天的玩笑，新闻里播的是昨天的新闻……反复确认这不是梦境后，桃子迅疾展开了挽救老师的行动！　　“你今后会拥有让时光倒回的能力。”原来12年前早有预言，只要触摸死者的遗物，桃子就能回到过去改变历史。于是，在同事大友将太郎（谷原章介饰）的帮助下，桃子开始了一轮又一轮的穿越……