小新一家去冲绳旅行，本来是平凡的一天，然而小新的宠物小白却突然沾上了一枚威力强大的炸弹！这个炸弹是被奇异的外星生物“屁股星人”遗留下来的，其力量足以毁掉整个地球。全球65亿人的注意力都集中在了一只小狗身上！面对来自宇宙监视中心和美女恐怖集团白黑两道对小白的争夺，小新挺身而出誓死保护小白！

　　某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。　　在酒吧里，小新找到了风间，可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后，小新邂逅了名为小椿（齐藤彩夏 配音）的女孩，她不仅屡屡向小新一行人伸出援手，还替他们找到了安身之所。小椿希望有朝一日能够推翻杰士提斯的统治，小新决定助她一臂之力，广志（藤原启治 配音）发现若是想要从电影中脱身，那就必须顺应剧本将电影演完，一场精彩的大戏就此拉开序幕。

　　“由于遗传基因科学的进步，人类正急剧变身”（史蒂芬·W·何金）　　舞台设在公元2007年的皇树学院都市。这里是汇集最新科技的研究学院都市。　　这当中，有个为培养各领域的专家而设立的皇树学院。能进入这个学院的人，一定在某个领域里拥有杰出能力。　　有一天，这个皇树学院的高中部里，来了名叫浩司、龙还有迦瓦鲁的三个人。那天开始，平静的学院生活蒙上了阴影，激烈的战斗开始了。　　袭击他们的异型以及迎击的白色身影，被称作生化体的他们拥有远超人类的速度与力量。　　迦瓦鲁、浩司、龙，他们到底是什么人！？而他们的目的又是？还有，袭击他们的生化体以及生化体背后的神秘组织是……！？　　人类在探索新的可能性的同时，也会有新的威胁产生的可能性，这就是生体细胞强化理论。三个年轻人面对的，就是为了这个理论的完成和实现而暗中活跃的强大组织。　　但是，他们剩下的时间，只有三个月了！　　由于遗传基因科学的进步，人类正急剧变身”（史蒂芬·W·何金）舞台设在公元2007年的皇树学院都市。这里是汇集最新科技的研究学院都市。这当中，有个为培养各领域的专家而设立的皇树学院。能进入这个学院的人，一定在某个领域里拥有杰出能力。有一天，这个皇树学院的高中部里，来了名叫浩司、龙还有迦瓦鲁的三个人。那天开始，平静的学院生活蒙上了阴影，激烈的战斗开始了。袭击他们的异型以及迎击的白色身影，被称作生化体的他们拥有远超人类的速度与力量。迦瓦鲁、浩司、龙，他们到底是什么人！？而他们的目的又是？还有，袭击他们的生化体以及生化体背后的神秘组织是……！？人类在探索新的可能性的同时，也会有新的威胁产生的可能性，这就是生体细胞强化理论。三个年轻人面对的，就是为了这个理论的完成和实现而暗中活跃的强大组织。