一度内忧外患、濒临崩溃的堂上综合医院，在外科医生相良浩介（泽村一树 饰）到来的第二个年头，无论从业绩还是口碑均取得了令人满意的成绩。更为重要的是，曾经紧张非常的医患关系得以纾解，一度丧失了责任心的医护人员也受到相良的感召，投入到救死扶伤的工作中去。而就在此时，院长（野际阳子 饰）发表辞职声明，同时指名外甥——相良最大的劲敌森山卓（高岛政伸 饰）担任下任院长。这项人事任免在医院内部引起不小的轰动，人人感到一场强力的风暴即将到来。　　各种情况的患者接二连三送入堂上医院，相良与团队重逢在救治的第一线，而风头正劲的森山则成为阻挡他的不小的障碍……

　　鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上，两个对手慢慢开始了解，继而得知特穆金要建立一个没有战争和灾难的乌托邦，而鸣人具有的神奇力量正是他们所需要的。与此同时，鹿丸则和小樱目击到一个巨型堡垒，他们发现堡垒四周满是穿着铠甲的武士。鹿丸偷偷潜入侦查，看见一群被禁锢在容器中的小孩，并听到关于吉鲁遗产的谈话。这与特穆金之间究竟有什么样的关联？　　本片为《火影忍者》第二部剧场版动画。